Năm 2010, Mikhail Mishustin được bổ nhiệm làm người đứng đầu Cục Thuế Liên bang Nga. Ở vị trí này, ông tuyên chiến với "dữ liệu bẩn" và bắt đầu khắc phục các vấn đề với việc hoàn thuế VAT không chính đáng.[17][28]

Sau khi Mishustin được bổ nhiệm vào vị trí này, các doanh nhân đã bày tỏ hy vọng rằng, với tư cách một người xuất phát từ kinh doanh, ông sẽ làm cho Cơ quan Thuế Liên bang "thân thiện" hơn với các doanh nhân Nga[29]. Mishustin ủng hộ việc đơn giản hóa hoạt động giữa các doanh nghiệp và công dân với cơ quan thuế. Để thuận tiện cho công việc của mọi người và cuộc chiến chống tham nhũng, Mishustin phát biểu ông dự định phát triển các dịch vụ điện tử trong dịch vụ thuế Liên bang càng nhiều càng tốt[30][31]. Để hỗ trợ cho tuyên bố này, một số tài liệu đã được xuất bản nhằm mở rộng phạm vi quản lý tài liệu điện tử[32].

Ngoài Thông tin hóa, Cục Thuế Liên bang dưới sự lãnh đạo của Mishustin đã bắt đầu làm việc theo các tiêu chuẩn mới để phục vụ người nộp thuế. Đặc biệt, để thuận tiện cho công dân, giờ mở cửa kiểm tra đã được kéo dài. Năm 2015, Trung tâm Liên lạc Liên bang bắt đầu làm việc.[33][34]

Trong giai đoạn này, cơ quan thuế đã bị chỉ trích vì cách tiếp cận quá nghiêm ngặt đối với kinh doanh, Mishustin đã bác bỏ cáo buộc này, với lý do giảm đáng kể số lượng thanh tra. Vì vậy, với vai trò mới của Mishustin vào năm 2010, dịch vụ thuế Liên bang đã thay đổi cách kiểm soát, tập trung vào công việc phân tích. Do đó, số lượng kiểm toán thuế tại chỗ đã giảm mạnh, trong khi hiệu quả của chúng tăng lên. Nếu trước đó, cứ mỗi người nộp thuế thứ mười bị kiểm tra thì đến năm 2018, cơ quan thuế chỉ kiểm tra một công ty kinh doanh nhỏ trong số 4.000 công ty. Số lượng kiểm tra của các doanh nghiệp lớn và vừa cũng giảm đáng kể.[35][36][37]

Năm 2013, Diễn đàn OECD về quản lý thuế được tổ chức tại Matxcova với sự tham dự của người đứng đầu 51 cơ quan quản lý thuế trên thế giới. Năm 2014, Mikhail Mishustin được bầu làm Phó Chủ tịch Văn phòng Diễn đàn Quản lý thuế của OECD. Thành viên của diễn đàn là 45 quốc gia, bao gồm tất cả các nước OECD, các nước G20, cũng như các nước sử dụng cơ chế quản lý thuế tiên tiến[38].

Truyền thông Nhà nước cũng viết rằng Cơ quan Thuế Liên bang đang nghiên cứu việc triển khai mô hình "điện toán đám mây", mô hình này sẽ tạo ra một kho dữ liệu liên bang thống nhất (FHD). Nhờ "trung tâm xử lý dữ liệu cấp liên bang hiện đại nhất, thanh tra sẽ có quyền truy cập thông tin đầy đủ và cập nhật về bất kỳ đối tác nào từ bất kỳ khu vực nào của Nga vào bất kỳ lúc nào"[39][40].

Vào tháng 5 năm 2015, trung tâm xử lý dữ liệu liên bang (DPC) đầu tiên đã được mở tại khu vực Moscow. Vào tháng 12 cùng năm, trung tâm dữ liệu liên bang thứ hai được ra mắt tại vùng Nizhny Novgorod. Các trung tâm này sẽ đảm bảo hoạt động không bị gián đoạn của hệ thống thông tin của Bộ Tài chính Nga, Cục Thuế Liên bang Nga, Kho bạc Nga và các tổ chức trực thuộc khác của Bộ Tài chính Nga. Dự án trung tâm dữ liệu được chứng nhận theo tiêu chuẩn khả năng chịu lỗi UptimeInstituteTier III.

Năm 2015, tại bốn khu vực thí điểm - khu vực Moscow, Tatarstan, Moscow và Kaluga - một cuộc thử nghiệm đã được thực hiện để kiểm tra một công nghệ mới - truyền dữ liệu trực tuyến của thiết bị máy tính tiền (CCP) tới cơ quan thuế. Vào ngày 3 tháng 7 năm 2016, Tổng thống Liên bang Nga Vladimir Putin đã ký Luật Liên bang tương ứng số 290-FZS, theo đó kể từ ngày 1 tháng 1 năm 2017, tất cả những người có nghĩa vụ áp dụng KTT và từ ngày 1 tháng 7 năm 2018 - và những người không có nghĩa vụ áp dụng KKT (người trả tiền UTII, PSN, cũng như những người làm việc trong lĩnh vực dịch vụ)[41][42].

Là người đứng đầu Dịch vụ Thuế Liên bang, Mishustin nổi tiếng là một nhà kỹ trị lành nghề.[43][44]